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Model Comparison and Uncertainty Quantification in Tumor Growth
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PAIXÃO, E. A.

; NAOZUKA, G. T.

; SILVA, J. V. O.

; MENEZES, M. P. C.

; ALMEIDA, R. C.

Trends in Computational and Applied Mathematics

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Set 2021, Volume 22 Nº 3 Páginas 495 - 514

Resumo: En | Texto: En | PDF: En

ABSTRACT Mathematical and computational modeling have been increasingly applied in many areas of cancer research, aiming to improve the understanding of tumorigenic mechanisms and to suggest more effective therapy protocols. The mathematical description of the tumor growth dynamics is often made using the exponential, logistic, and Gompertz models. However, recent literature has suggested that the Allee effect may play an important role in the early stages of tumor dynamics, including cancer relapse and metastasis. For a model to provide reliable predictions, it is necessary to have a rigorous evaluation of the uncertainty inherent in the modeling process. In this work, our main objective is to show how a model framework that integrates sensitivity analysis, model calibration, and model selection techniques can improve and systematically characterize model and data uncertainties. We investigate five distinct models with different complexities, which encompass the exponential, logistic, Gompertz, and weak and strong Allee effect dynamics. Using tumor growth data published in the literature, we perform a global sensitivity analysis, apply a Bayesian framework for parameter inference, evaluate the associated sensitivity matrices, and use different information criteria for model selection (First- and Second-Order Akaike Information Criteria and Bayesian Information Criterion). We show that such a wider methodology allows having a more detailed picture of each model assumption and uncertainty, calibration reliability, ultimately improving tumor mathematical description. The used in vivo data suggested the existence of both a competitive effect among tumor cells and a weak Allee effect in the growth dynamics. The proposed model framework highlights the need for more detailed experimental studies on the influence of the Allee effect on the analyzed cancer scenario.

https://doi.org/10.5540/tcam.2021.022.03.00495 939 downloads

Recurrent blooms of Heterosigma akashiwo (Raphidophyceae) in the Piraquê Channel, Rodrigo de Freitas Lagoon, southeast Brazil
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Branco, S

; Menezes, M

; Alves-de-Souza, C

; Domingos, P

; Schramm, MA

; Proença, LAO

Brazilian Journal of Biology

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Ago 2014, Volume 74 Nº 3 Páginas 529 - 537

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

Seis florações de Heterosigma akashiwo(Raphidophyceae) foram observadas em março de 2007 a março de 2008 na Lagoa Rodrigo de Freitas, um sistema semi-confinado eutrófico localizado no Rio de Janeiro (Sudeste do Brasil). As células vegetativas de H. akashiwo analisadas por microscopia óptica e eletrônica mostraram morfologia como descrito em literatura. As florações (2.8 × 104 a 4 × 108cel.L–1) foram restritas à zona intermédia do canal Piraquê, que se situa na parte nordeste da lagoa e recebe aporte de água doce. A salinidade da sub-superfície da água e a profundidade do canal apresentaram correlação negativa significativa com a abundância de H. akashiwo e parecem determinar a formação de florações restritas a este compartimento da lagoa. Não houve mortalidade de peixes durante as florações de H. akashiwo e não foi detectada a presença de brevetoxinas em um extrato celular obtido a partir da floração observada em 19 de março de 2007.

Six blooms of Heterosigma akashiwo(Raphidophyceae) were observed from March 2007 through March 2008 in the Rodrigo de Freitas Lagoon, a semi-confined eutrophic system located in Rio de Janeiro state, southeast Brazil. Vegetative cells of H. akashiwo analysed by optical and electron microscopy showed morphology as described in the literature. The blooms (2.8 × 104 to 4 × 108 cell.L–1) were restricted to the middle section of the Piraquê Channel, which is situated in the northeastern part of the lagoon and receives freshwater inflow. The salinity of subsurface water and the channel depth showed significant negative correlations with H. akashiwo abundances, and appeared to restrict the blooms to this compartment of the lagoon. No fish mortality was associated with the H. akashiwo blooms, nor were brevetoxins detected in a cell extract obtained from the bloom observed on 19 March 2007.

https://doi.org/10.1590/bjb.2014.0074 2996 downloads

Gadget for epilithic microalgal sampling (GEMS)
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Canani, LGC.

; Torgan, LC.

; Menezes, M.

Brazilian Journal of Biology

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Mai 2010, Volume 70 Nº 2 Páginas 289 - 291

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

As amostragens de microalgas bênticas em sistemas lóticos são realizadas através do uso de substrato natural ou artificial. Substratos naturais são mais adequados para a estimativa de biomassa e produtividade, assim como, para a avaliação de biodiversidade, porque eles contêm as comunidades que são típicas de um determinado ambiente. Nós apresentamos um novo dispositivo para amostragem de microalgas epilíticas (GEMS) que permite a amostragem in situ, quando é impossível remover o substrato do leito do rio. O amostrador consiste em uma caixa de acrílico com uma abertura de 25 cm de diâmetro em sua base que permite acesso ao substrato. O amostrador pode ser usado em riachos rasos e de leito rochoso e plano, e mantém a área amostral o mais isolada possível, minimizando perdas e contaminação, além de ser fácil de construir e manusear.

Benthic microalgae sampling in lotic systems is carried out using either artificial or natural substrate. Natural substrate is more suitable for biomass and productivity estimates as well as biodiversity assessment because it contains the communities that are typical of the environment. We present a new gadget for epilithic microalgae sampling (GEMS) that allows sampling in situ when it is impossible to remove the substrate from the river bed. The sampler consists of an acrylic box with a 25 cm diameter opening on its base that allows access to the substrate. This gadget can be used in shallow plan bedrock streams and it keeps the sample area isolated as much as possible minimising losses and contamination. It is also easy to construct and handle.

1817 downloads Citado 2 vezes em SciELO

Real-time neutron radiography at the IEA-R1m nuclear research reactor
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Menezes, M. O. de

; Pugliesi, R.

; Pereira, M. A. S.

; Andrade, M.L.G.

Brazilian Journal of Physics

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Jun 2003, Volume 33 Nº 2 Páginas 282 - 285

Resumo: En | Texto: En | PDF: En

A LIXI(Light Intensifier X-ray Image) device has been employed in a real-time neutron radiography system. The LIXI is coupled to a video camera and the real-time images can be observed in a TV monitor, and processed in a computer. In order to get the real-time system operational, the neutron radiography facility installed at the IEA-R1m nuclear research reactor of the IPEN-CNEN/SP has been optimized. The most important improvements were the neutron/gamma ratio, the effective energy of the neutron beam, decrease of the scattered radiation at the irradiation position, and the additional shielding of the video camera. Several one-frame as well as computer processed images are presented. The overall Modulation Transfer Function for the real-time system was obtained from the resolution parameter p = 0:44 ± 0:04mm; the system sensitivity, evaluated for a Perspex step wedge, was determined and the average value is 0:70 ± 0:09mm.

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Avaliação do emprego dos adsorventes: carvão ativo, chromosorb W e membrana C18 na preparação de amostras de ar para a determinação de d-aletrina em ambientes fechados
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Paiva, K. B. S.

; Menezes, M. L. de

Eclética Química

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2003, Volume 28 Nº 1 Páginas 97 - 103

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

Os piretróides sintéticos são inseticidas amplamente utilizados para o controle de agentes patogênicos, desde a produção agrícola até a proteção da saúde humana, porém, apesar de suas inúmeras vantagens podem causar intoxicações em indivíduos potencialmente expostos a suas diversas apresentações. Amostras de ar foram coletadas pela geração da atmosfera padrão, onde a d-aletrina foi adsorvida em cartuchos contendo Carvão Ativo, Chromosorb W e/ou Membrana C18. As determinações das concentrações da d-aletrina foram efetuadas empregando um sistema de cromatografia gasosa. Os adsorventes Carvão ativo, Chromosorb W e Membrana C18 apresentaram adsorções de 100,8., 104,1 e 100,5%, com um desvio padrão relativo de 4,1, 7,5 e 7,9%, respectivamente. Coletou-se amostras de ar para a determinação da concentração da d-aletrina em diferentes em ambientes fechados, em diferentes dias da semana, obtendo-se níveis de concentração de d-aletrina de 3,4., 8,5 e 12,7 mig.m³, respectivamente.

The synthetic piretróides is thoroughly insecticide used for the control of agents patogênics, from the agricultural production to the protection of the human health, even so, in spite of its countless advantages they can cause intoxications potentially in individuals exposed its several presentations. Samples of air were collected by the generation of the atmosphere pattern, where the d-aletrine was adsorbed in cartridges contends Active Coal, Chromosorb W and Membrane C18. The determinations of the concentrations were made using a system of gaseous chromatography. The adsorvents active Coal, Chromosorb W and Membrane C18 presented adsorptions of 100.8., 104.1 and 100.5%, with a relative standard deviation of 4.1, 7.5 and 7.9%, respectively. After the determination of the concentration of the d-aletrine in different days of the week was obtained values of 3.4., 8.5 and 12.7 mg.m³ of d-aletrine, respectively.

3311 downloads

Taxonomic review of Costa Rican Pipunculidae (Insecta: Diptera)
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Rafael, J. A.

; da S. Menezes, M. D.

Revista de Biología Tropical

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Set 1999, Volume 47 Nº 3 Páginas 513 - 534

Resumo: Es En | Texto: Es En | PDF: Es | PDF: En

Se informa de la presencia de veintinueve especies y diez géneros de Pipunculidae en Costa Rica, con ocho especies previamente registradas, trece nuevas y ocho nuevos registros. Se describen e ilustran las seguientes especies: Cephalosphaera guanacastensis, C. procera, C. zumbadoi, Eudorylas abnormalis, E. echinatus, E. falx, E. moragai, E. serratus, Elmohardyia adunca, E. bifida, E. costaricana, E. galeata y E. maculata. Los nuevos registros son Chalarus connexus Rafael, Parapipunculus elegantulus (Williston), Cephalosphaera jamaicensis (Johnson), C. macroctenia Rafael, C. panamaensis Hardy, Microcephalops williamsi (Hardy), Eudorylas vidali Rafael y Basileunculus rex (Curran). Parapipunculus elegantulus (Williston) es redescrito a partir del holotipo. Se describen las hembras previamente desconocidas de P. elegantulus y C. jamaicensis. Se presenta la lista de todas las especies costarricensis y claves para las especies de Cephalosphaera Enderlein y Elmohardyia Rafael.

Twenty nine species and ten genera of Pipunculidae are reported from Costa Rica, including eight previously recorded species, thirteen new species and eight new records. The following species are described and illustrated: Cephalosphaera guanacastensis, C. procera, C. zumbadoi, Eudorylas abnormalis, E. echinatus, E. falx, E. moragai, E. serratus, Elmohardyia adunca, E. bifida, E. costaricana, E. galeata and E. maculata. The new records are Chalarus connexus Rafael, Parapipunculus elegantulus (Williston), Cephalosphaera jamaicensis (Johnson), C. macroctenia Rafael, C. panamaensis Hardy, Microcephalops williamsi (Hardy), Eudorylas vidali Rafael and Basileunculus rex (Curran). Parapipunculus elegantulus (Williston) is redescribed from the holotype. The previously unknown females of P. elegantulus and C. jamaicensis are described. All Costa Rican species are listed. Keys to the species of Cephalosphaera Enderlein and Elmohardyia Rafael are presented.

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Pseudotumor cerebral sem edema de papila óptica
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Seggia, J. C. Brant

; Menezes, M. L. Bezerra de

Arquivos de Neuro-Psiquiatria

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Nov 1993, Volume 51 Nº 4 Páginas 511 - 518

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

Os autores apresentam quatro casos de síndrome de hipertensão intracraniana benigna em duas mulheres e dois homens jovens e magros em que todos os critérios diagnósticos foram preenchidos exceto a presença de edema de papila óptica. Considerando que casos semelhantes já foram descritos por outros, pareceu-lhes justificada a proposição que fazem de não ser obrigatória a presença de edema de papila óptica para o diagnóstico da síndrome. Apresentam uma hipótese para explicar o fato e discutem outros detalhes dos casos.

Four cases of benign intracranial hypertension in two nonobese women (23 and 36 yr. old) and two nonobese men (both 47 yr. old) are presented. The most remarkable finding of the clinical investigation of these cases was the absence of papilledema. Our finding is consistent with other reports, and suggest that the presence of papilledema should not be considered critical for the diagnosis of benign intracranial hypertension. Additionally, the authors present a hypothesis for the absence of papilledema in cases otherwise typical of benign intracranial hypertension.

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Toxicological study of the molluscicidal latex of Euphorbia splendens: irritant action on skin and eye
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Freitas, J. C. B. R.

; Presgrave, O. A. F.

; Fingola, F. F.

; Menezes, M. A. C.

; Vasconcellos, M. C.

; Schall, V. T.

; Paumgartten, F. J. R.

Memórias do Instituto Oswaldo Cruz

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1991, Volume 86 Supl. 2 Páginas 87 - 88

Resumo: En | Texto: En | PDF: En

Aqueous solutions of the molluscicidal latex of Euphorbia splendens are irritant to the rabbit eye in concentrations higher than 0.35% and to the rabbit skin in concentrations higher than 0.5%. Although this irritant potential does not proclude its use as a molluscicide, special precautions are recommended for hanbdling and application of the product and the hazard of skin tumor-promoting potencial should be carefully investigated before its use for schistosomiasis vector control.

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Estudos sobre a nutrição mineral do milho: II. efeito de doses crescentes de N, R e K no crescimento, produção e composição mineral da variedade Piranão em condições controladas
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Malavolta, E.

; Basso, L. C.

; Oliveira, E G. D.

; Vasconcellos, C. A.

; Santos, Z. G.

; Fortes, J. M.

; Fernandes, J.

; Stamford, N.P.

; Lorenzi, J.O.

; Sampaio, N. F.

; Hass, F. J.

; Freire, J. C.

; Souza, M.

; Ventorim, N.

; Victoria F, R.

; Rosalén, CA.

; Zago, E.A.

; Miranda, M.T.

; Lima, S.A.

; Castro, A.M.G.

; Souza, A.P.

; Lopes, E.S.

; Sobral, L.F.

; Lovato, L.A.

; Menezes, M.

; Tisselli F, E O.

Anais da Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz

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1976, Volume 33 Páginas 479 - 499

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

O milho, var. Piranão, foi cultivado em solução nutritiva com níveis crescentes de N, R e K. Houve resposta linear à adição de N e assintótica às doses de R e de K. A determinação da atividade da reductase de nitrato se correlacionou melhor com a produção da matéria seca que a do N total nas folhas. O teor de potássio total nas folhas, por sua vez refletiu melhor o estado nutricional que a determinação de putrescina nas folhas.

Maize plants, Piranão cultivar, were grown in nutrient solution with 5 levels each of N, R and K till harvest. Nitrate reductase activity and putrescine level were determined in leaves of plants in the N and K series, respectively, at silking stage. Upper and lower leaves were analysed for N, R and K in the corresponding treatments at the end of the life cycle. The main conclusions were the following : 5.1 There was a linear effect of level of N in the substrate on dry matter production. 5.2. High activities of nitrate reductase suggest that under natural conditions the variety should be very responsive to N fertilization. 5.3. An asymptotic response curve was found in the treatments with increasing levels of R in the medium, as well as in the case of the K treatments. 5.4. Curves of response of roots (dry matter) showed a tendency to level of as a function of increasing levels of element at lower concentrations than the components aeral part of the plant (leaves, stems, ears). 5.5. Determination of leaf putrescine did not of prove a better indicator of the K status leaf K. 5.6. The variety under study seems to be relatively more efficient in the utilization of N for yield components; the efficiency for utilization of K, is rather low and that for R is intermediate, findings that should have a bearing on the fertilization in field conditions.

1050 downloads

10.

Estudos sobre a nutrição mineral do milho: II - deficiências de macronutrientes na variedade Piranão
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Malavolta, E.

; Rapchan, V.M.

; Castro, A.M.G. de

; Souza, A.P.

; Lopes, E.S.

; Sobral, L.F.

; Lovato, L.A.

; Menezes, M.

; Tisselli Fº, O.

; Oliveira, G.D.

Anais da Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz

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1975, Volume 32 Páginas 509 - 525

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

Foram induzidos sintomas de carência de macronutrientes no milho, var. Piranão, exceto no caso do enxofre. Os níveis foliares de N, P, K, Ca, Mg e S foram determinados nas plantas sujeitos à nutrição completa e às deficiências de macronutrientes.

Corn plants, Piranão variety, were grown in nutrient solution, complete and with omission of one macronutrient each time, in order to gain information on the effects of treatments on growth, symptoms of deficiency, and mineral composition of the leaves. The following symptoms of deficiency were obtained: Nitrogen -- plants underdeveloped; "V" shaped chlorosis beginning in the older leaves followed by drying and necrosis; Phosphorus - older leaves dark green with a purple hve; Potassium - plants underdeveloped; marginal chlorisis and necrosis in the older leaves; iron induced chlorosis in the younger leaves; Calcium - plants very underdeveloped due to death of apical merystem; younger leaves showing tip and marginal chlorosis and afterwards necrosis and break down of the tissue; wide whitish areas in the younger leaves; Magnesium - plants very underdeveloped; internerval chlorosis in older leaves first, proceeding to the young ones; Sulfur - absence of marked symptoms, except for a slight chlorosis in the younger leaves. Dry matter production obeyed the following decreasing order: Complete, minus S, minus P, minus K, minus Mg, minus N and minus Ca. Ears were obtained only in treatments complete and minus S. Top/root ratio decreased according to this order: minus S, complete, minus K, minus Mg, minus N, minus P and minus Ca. The macronutrient content for the treatment complete was the following respectively for lower and upper, leaves: N - 2.76 and 2.52%; P - 0.59 and 0.53%; K - 2.25 and 2.26%;Ca - 2.17 and 1.85;Mg - 0.82 and0.66;S - 0.38 and 0.32. The values of the element corresponding to each treatment were: N - 1.84 and 1.22 (that is: lower leaves in the minus N plants had 1 84% N, whereas the upper leaves in same treatment had 1.22% N; P - 0.14 and 0.17%; K - 0.29 and 0.78%; Ca - 0.29 and 0.05; Mg -0.09 and 0.05%; S- 0.31 and 0.26%.

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